围绕食品中农兽药残留的检测，建立起世界领先的同时检测1200余种农药的高通量色谱质谱检测技术，解决传统检测方法依赖于实物标准品鉴定的限制。依托此技术对全国20多个省市开展连续监测，建立了我国果蔬中农药污染水平及膳食暴露风险数据库，为国家相关政策的制订提供重要依据。快速检测技术方面，开发了碳纳米粒子、磁珠微球等新型材料，建立了多种基于光学、电化学的新型检测技术，在全国200多家检测机构及食品生产企业中广泛应用，经济及社会效益显著，获得国家技术发明奖二等奖。

21世纪以来细菌耐药性在全球范围内快速上升，严重危胁人类健康。中心研究团队率先发现了可转移黏菌素耐药新基因mcr-1、新型碳青霉烯酶NDM-1等，并系统阐明了在动物、食品、环境和人群中耐药基因的传播特征及风险因素，提出了根除环境媒介等耐药性综合防控策略等，相关研究成果在Lancet Infectious Disease、Nature Microbiology等学术刊物上发表，引领了全球黏菌素相关研究的发展，并推动了全球多个国家和组织对黏菌素管控政策的调整。我国农业农村部也发布了自2017年4月起禁止多黏菌素作为抗菌促生长剂用于食品动物的2428号公告，成功降低了黏菌素耐药性的传播，为世界细菌耐药性控制树立了中国标杆。